层流手术室是采用空气洁净技术对微生物污染采取程度不同的控制，以达到控制空间环境中空气洁净度适于各类手术之要求;并提供适宜的温、湿度，创造一个清新、洁净、舒适、细菌数低的手术空间环境，使病患在手术时组织受到尽可能少的损伤，并大大减低感染率，保障病患术后能更快更好地恢复。
具体操作1).严格净化
各手术室空气净化系统在手术室墙面四角、净化机组、口板、走廊、新风机、排风机都设有不同**的过滤器，并对其进行定期清洁、维修和更换，严格保障室内空气的无菌;另外，层流手术室的卫生管理工作除了日常清洁工作和过去一样，不能有丝毫放松，还对室内的清洁工作有特殊的要求，室内墙角全部为弧形结构设计，找不到任何一个90°的墙角，使细菌无处藏身，避免了清除不尽的死角，并且室内无须使用物理或化学方法进行消毒，这样既节省劳动又防止外来污染的进入。
2).正压通气
层流手术室不仅要求高度洁净的空气(进入手术室的空气须经高效过滤器净化)，而且要求能控制气流的流通方向(即采用层流超净装置)，手术室内形成正压环境，使气流从洁净度高的手术区域流向洁净度低的区域，一股细小、薄层的气流，以均匀的流速向同一方向输送，并带走和排出气流中的尘埃颗粒(尘粒)和细菌。目前，层流手术室分为垂直层流式和水平层流式两种。垂直层流式(Supplyairceilingforoperatingtheatre)高效过滤器装在手术病床的正上方，气流垂直吹送，回风口设在墙面的四角，确保手术台洁净度达标，一般多采用垂直层流式效果较好。正是采用的这种垂直的层流式，在手术室内的顶部还设置了一个吊塔式的负压吸引系统，将医生在手术时呼出的空气吸出塔外，进一步保障手术室的洁净和无菌，降低手术的感染率。
3).单通道流向
医院在层流手术室与消毒柜之间制作了一堵墙，并设立进、出单通道，需消毒的物品经过“输出”通道直接从手术室转移到消毒柜，消毒后经过“输入”通道转移到手术室，这样避免了消毒物品在转移的过程中二次污染。
操作要求
层流手术室的空气压力根据其不同区域(如手术间、无菌准备间、刷手间、麻醉间和周围干净区域等)洁净度不同要求而不同。不同**的层流手术室其空气洁净度标准不同，例如美国联邦标准1000级为每立方尺空气中≥0.5μm的尘粒数，≤1000颗或每升空气中≤35颗。10000级层流手术室的标准为每立方尺空气中≥0.5μm的尘粒数≤10000颗或每升空气中≤350颗。依次类推。
